侯廷军

职称职务:教授、博士生导师

电子邮箱:tingjunhou@zju.edu.cn

办公地址:浙江大学紫金港校区药学院446室

办公电话:0571-88208412

学习工作经历

  • 1992年至1997年:北京大学化学与分子工程学院,本科(导师:徐筱杰教授)
  • 1997年至2002年:北京大学化学与分子工程学院,硕博连读(导师:徐筱杰教授)
  • 2002年至2004年:北京大学化学与分子工程学院,博士后(合作导师:徐筱杰教授)
  • 2004年至2008年:美国加州大学圣地亚哥分校化学与生物学系,博士后和项目研究员
  • 2009年至2012年:苏州大学功能纳米与软物质研究院/药学院,特聘教授、博士生导师
  • 2013年3月至今:浙江大学药学院,求是特聘教授、博士生导师

重要学术兼职

  • 专业委员会:中国化学会计算(机)化学专业委员会副主任委员
  • 学术期刊编委:Journal of Cheminformatics, Journal of Chemical Information and Modeling, International Journal of Molecular Sciences (Molecular Informatics Section), Frontiers in Pharmacology (associate editor of Experimental Pharmacology and Drug Discovery Section), Current Pharmaceutical Design, Chemical Biology & Drug Design, Mini-Reviews in Medicinal Chemistry, Theoretical Biology & Medical Modelling, Current Computer-aided Drug Design, Medicinal Chemistry, Computational and Mathematical Methods in Medicine, Genomics, Proteomics & Bioinformatics (2015~2017), Journal of Pharmaceutics, Journal of Molecular Graphics & Modeling, Heliyon
  • 特刊客座编辑: Advanced Drug Delivery Reviews, Current Drug Targets, Evidence-Based Complementary and Alternative Medicine, Combinatorial Chemistry & High Throughput Screening

重要学术奖项

  • 2021年,2021年中国高被引学者(爱思唯尔)
  • 2020年,国家万人计划领军人才
  • 2020年,英国皇家化学会"Top 1%"高被引中国作者
  • 2019年,2019年中国高被引学者(爱思唯尔)
  • 2019年,英国皇家化学会"Top 1%"高被引中国作者
  • 2018年,2018年中国高被引学者(爱思唯尔)
  • 2018年,科技部中青年科技创新领军人才(国家创新人才推进计划)
  • 2017年,英国皇家化学会"Top 1%"高被引中国作者
  • 2017年,青年计算化学家奖,中国化学会计算(机)化学专业委员会
  • 2015年,浙江省药学会医药科技一等奖(个人奖)
  • 2014年,药明康德生命化学研究奖(学者奖)
  • 2014年,高校科学研究优秀成果奖(二等,排名第2)
  • 2012年,第四届寻找青年科学之星(铜奖),中科院和中国科学报社
  • 2008年,高校科学研究优秀成果奖(二等,排名第2)

代表性论文

  • Rui Shi, Peichen Pan, Rui Lv, Chongqing Ma, Enhui Wu, Ruochen Guo, Zhihao Zhao, Hexing Song, Joe Zhou, Yang Liu, Guoqiang Xu, Tingjun Hou*, Zhenhui Kang*, Jian Liu*, High-throughput glycolytic inhibitor discovery targeting glioblastoma by graphite dots-assisted LDI mass spectrometry, Science Advances, 2022, 8, eabl4923.
  • Xin Chai, Huiyong Sun, Wenfang Zhou, Changwei Chen, Luhu Shan, Yuhui Yang, Junzhao He, Jinping Pang, Liu Yang, Xinyue Wang, Sunliang Cui, Yaqin Fu, Xiaohong Xu, Lei Xu, Xiaojun Yao, Dan Li*, Tingjun Hou*, Discovery of N-(4-(Benzyloxy)-phenyl)-sulfonamide Derivatives as Novel antagonists of the human androgen receptor targeting the activation function 2, Journal of Medicinal Chemistry, 2022, 65, 2507-2521.
  • Xueping Hu, Jinping Pang, Jintu Zhang, Chao Shen, Xin Chai, Ercheng Wang, Haiyi Chen, Xuwen Wang, Mojie Duan, Weitao Fu, Lei Xu, Yu Kang, Dan Li*, Hongguang Xia*, Tingjun Hou*, Discovery of novel GR ligands towards druggable GR antagonist conformations identified by MD Simulations and Markov state model analysis, Advanced Science, 2022, 9, 2102435.
  • Dejun Jiang, Chang-Yu Hsieh, Zhenxing Wu, Yu Kang, Jike Wang, Ercheng Wang, Ben Liao, Chao Shen, Lei Xu, Jian Wu*, Dongsheng Cao*, Tingjun Hou*, InteractionGraphNet: a novel and efficient deep graph representation learning framework for accurate protein-ligand interaction predictions, Journal of Medicinal Chemistry, 2021, 64, 18209-18232.
  • Weitao Fu, Minkui Zhang, Jianing Liao, Qing Tang, Yixuan Lei, Zhou Gong, Luhu Shan, Mojie Duan, Xin Chai, Jinping Pang, Chun Tang, Xuwen Wang, Xiaohong Xu, Dan Li*, Rong Sheng*, Tingjun Hou*, Discovery of a novel androgen receptor antagonist manifesting evidence to disrupt the dimerization of the ligand-binding domain via attenuating the hydrogen-bonding network, Journal of Medicinal Chemistry, 2021, 64, 17221-17238.
  • Qing Ye, Chang-Yu Hsieh, Ziyi Yang, Yu Kang, Jiming Chen, Dongsheng Cao*, Shibo He*, Tingjun Hou*, A unified drug-target interaction prediction framework based on knowledge graph and recommendation system, Nature Communications, 2021, 12, 6775.
  • Gaoqi Weng, Dan Li, Yu Kang*, Tingjun Hou*, Integrative modeling of PROTAC-mediated ternary complexes, Journal of Medicinal Chemistry, 2021, 64, 16271-16281.
  • Jike Wang, Chang-Yu Hsieh, Mingyang Wang, Xiaorui Wang, Zhenxing Wu, Dejun Jiang, Benben Liao, Xujun Zhang, Bo Yang, Qiaojun He, Dongsheng Cao*, Xi Chen*, Tingjun Hou*, Multi-constraint molecular generation based on conditional transformer, knowledge distillation and reinforcement learning, Nature Machine Intelligence, 2021, 3, 914-922.
  • Haiyi Chen, Yu Kang, Mojie Duan*, Tingjun Hou*, Regulation mechanism for the binding between the SARS-CoV-2 spike protein and host angiotensin-converting enzyme II, Journal of Physical Chemistry Letters, 2021, 12, 6252-6261.
  • Weitao Fu, Ercheng Wang, Di Ke, Hao Yang, Lingfeng Chen, Jingjing Shao, Xueping Hu, Lei Xu, Na Liu*, Tingjun Hou*, Discovery of a novel Fusarium Graminearum Mitogen-activated Protein Kinase (FgGpmk1) inhibitor for the treatment of fusarium head blight,Journal of Medicinal Chemistry, 2021, 64, 13841-13852.
  • Yongchang Xu, Haiyi Chen, Huimin Zhang, Saif Ullah, Tingjun Hou*, Youjun Feng*, The MCR-3 inside linker appears as a facilitator of colistin resistance, Cell Reports, 2021, 35, 109135.
  • Guoli Xiong, Zhenxing Wu, Jiacai Yi, Li Fu, Zhijiang Yang, Changyu Hsieh, Mingzhu Yin, Xiangxiang Zeng, Chengkun Wu, Aiping Lu, Xiang Chen, Tingjun Hou*, Dongsheng Cao*, ADMETlab 2.0: an integrated online platform for accurate and comprehensive predictions of ADMET properties, Nucleic Acids Research, 2021, 49(W1), W5-W14.
  • Zhenxing Wu, Dejun Jiang, Jike Wang, Chang-Yu Hsieh*, Dongsheng Cao*, Tingjun Hou*, Mining toxicity information from large amounts of toxicity data, Journal of Medicinal Chemistry, 2021, 64, 6924-6936.
  • Gaoqi Weng, Chao Shen, Dongsheng Cao, Junbo Gao, Xiaowu Dong, Qiaojun He, Bo Yang, Dan Li*, Jian Wu*, Tingjun Hou*, PROTAC-DB: an online database of PROTACs, Nucleic Acids Research, 2021, 49(D1), D1381-D1387.
  • Hongyan Du, Junbo Gao, Gaoqi Weng, Junjie Ding, Xin Chai, Jinping Pang, Yu Kang, Dan Li, Dongsheng Cao*, Tingjun Hou*, CovalentInDB: a comprehensive database facilitating the discovery of covalent inhibitors, Nucleic Acids Research, 2021, 49(D1), D1122-D1129.
  • Zhenxing Wu, Dejun Jiang, Chang-Yu Hsieh, Guangyong Chen, Ben Liao, Dongsheng Cao*, Tingjun Hou*, Hyperbolic Relational graph convolution networks plus: a simple but highly efficient QSAR-modeling method, Briefings in Bioinformatics, 2021, 22, bbab112.
  • Dejun Jiang, Zhenxing Wu, Chang-Yu Hsieh, Guangyong Chen, Ben Liao, Zhe Wang, Chao Shen, Dongsheng Cao*, Jian Wu*, Tingjun Hou*, Could graph neural networks learn better molecular representation for drug discovery? A comparison study of descriptor-based and graph-based models, Journal of Cheminformatics, 2021, 13, 12.
  • Jie Dong, Minfeng Zhu, Yonghuan Yun, Aiping Lu, Tingjun Hou*, Dongsheng Cao*, BioMedR: An R/CRAN Package for Integrated Data Analysis Pipeline in Biomedical Study, Briefings in Bioinformatics, 2021, 22, 474-484.
  • Gaoqi Weng, Junbo Gao, Zhe Wang, Ercheng Wang, Xueping Hu, Xiaojun Yao, Dongsheng Cao*, Tingjun Hou*, Comprehensive evaluation of fourteen docking programs on protein-peptide complexes, Journal of Chemical Theory and Computation, 2020, 16, 3959-3969.
  • Ziyi Yang, Junhong He, Aiping Lu, Tingjun Hou*, Dongsheng Cao*, The Application of Negative Design to Design More Desirable Virtual Screening Library, Journal of Medicinal Chemistry, 2020, 63, 4411-4429.
  • Chao Shen, Junjie Ding, Zhe Wang, Dongsheng Cao, Xiaoqin Ding, Tingjun Hou*, From machine learning to deep learning: advances in scoring functions for computational docking,WIRES Computational Molecular Science, 2020, 10, e1429.
  • Ercheng Wang, Huiyong Sun, Junmei Wang, Zhe Wang, Hui Liu, John Zenghui Zhang*, Tingjun Hou*, End-Point binding free energy calculation with MM/PBSA and MM/GBSA: strategies and applications in drug design, Chemical Reviews, 2019, 119, 9478-9508.
  • Gaoqi Weng, Ercheng Wang, Zhe Wang, Hui Liu, Feng Zhu, Dan Li, Tingjun Hou*, HawkDock: a web server to predict and analyze the protein-protein complex based on computational docking and MM/GBSA, Nucleic Acids Research, 2019, 47, W322-W330.
  • Zhe Wang, Xuwen Wang, Youyong Li, Tailong Lei, Ercheng Wang, Dan Li, Yu Kang, Feng Zhu, Tingjun Hou*, farPPI: a webserver for accurate prediction of protein-ligand binding structures for small-molecule PPI inhibitors by MM/PB(GB)SA methods, Bioinformatics, 2019, 35, 1777-1779.
  • Peichen Pan, Huidong Yu, Qinglan Liu, Xiaotian Kong, Hu Chen, Jiean Chen, Qi Liu, Dan Li, Yu Kang, Huiyong Sun, Wenfang Zhou, Sheng Tian, Sunliang Cui, Feng Zhu, Youyong Li, Yong Huang*, Tingjun Hou*, Combating drug-resistant mutants of ALK with potent and selective Type-I1/2 inhibitors by stabilizing unique DFG-shifted loop conformation, ACS Central Science, 2017, 3, 1208-1220.
  • Tailong Lei, Huiyong Sun, Yu Kang, Feng Zhu. Hui Liu, Wenfang Zhou, Zhe Wang, Dan Li, Youyong Li, Tingjun Hou*, ADMET evaluation in drug discovery. 18. Reliable prediction of chemical-induced urinary tract toxicity by boosting machine learning approaches, Molecular Pharmaceutics, 2017, 14, 3935-3953.
  • Huiyong Sun, Pengcheng Chen, Dan Li, Youyong Li, Tingjun Hou*, Directly-binding rather than induced-fit dominated binding affinity difference in (S) and (R)-crizotinib bound MTH1, Journal of Chemical Theory and Computation, 2016, 12, 851-860.
  • Hui Liu, Tingjun Hou*, CaFE: a tool for binding affinity prediction using end-point free energy methods,Bioinformatics, 2016, 32, 2216-2218.
  • Sheng Tian, Junmei Wang, Youyong Li, Tingjun Hou*, The application of in silico drug-likeness predictions in pharmaceutical research, Advanced Drug Delivery Reviews, 2015, 86, 2-10.
  • Huiyong Sun, Youyong Li, Sheng Tian, Junmei Wang, Tingjun Hou*, P-loop conformation governed Crizotinib resistance in G2032R-mutated ROS1 tyrosine kinase: clues from free energy landscape, PLoS Computational Biologys, 2014, 10, e1003729.
  • Huiyong Sun, Youyong Li, Sheng Tian, Lei Xu, Tingjun Hou*, Assessing the performance of MM/PBSA and MM/GBSA methods. 4. accuracies of MM/PBSA and MM/GBSA methodologies evaluated by various simulation protocols using PDBbind data set, Physical Chemistry Chemical Physics, 2014, 16, 16719-16729.
  • Qian Zhang, Wei Zhang, Youyong Li, Junmei Wang, Jian Zhang, Tingjun Hou*, MORT: a powerful foundational library for computational biology and CADD, Journal of Cheminformatics, 2014, 6, 36.
  • Lei Xu, Yu Zhang, Longtai Zheng, Chunhua Qiao, Youyong Li, Dan Li, Xuechu Zhen*, Tingjun Hou*, Discovery of novel inhibitors targeting macrophage migration inhibitory factor via structure-based virtual screening and bioassays, Journal of Medicinal Chemistry, 2014, 57, 3737-3745.
  • Lei Xu, Huiyong Sun, Youyong Li, Junmei Wang, Tingjun Hou*, Assessing the performance of MM/PBSA and MM/GBSA methods. 3. the impact of force fields and ligand charge models, Journal of Physical Chemistry B, 2013, 117, 8408-8421.
  • Tingjun Hou*, Nan Li, Youyong Li, Wei Wang, Characterization of domain-peptide interaction interface: prediction of SH3 domain-mediated protein-protein interaction network in yeast by generic structure-based models,Journal of Proteome Research, 2012, 11, 2982-2995.
  • Sheng Tian, Junmei Wang, Youyong Li, Xiaojie Xu, Tingjun Hou*, Drug-likeness analysis of Traditional Chinese Medicines: prediction of drug-likeness using machine learning approaches, Molecular Pharmaceutics, 2012, 9, 2875-2886.
  • Tingjun Hou*, Junmei Wang, Youyong Li, Wei Wang*, Assessing the performance of the MM/PBSA and MM/GBSA methods: II. the accuracy of ranking poses generated by molecular docking calculations, Journal of Computational Chemistry, 2011, 32, 866-877.
  • Tingjun Hou*, Junmei Wang, Youyong Li, Wei Wang*, Assessing the performance of the MM/PBSA and MM/GBSA methods: I. The accuracy of binding free energy calculations based on molecular dynamics simulations, Journal of Chemical Information and Modeling, 2011, 51, 69-82.
  • Jing Zhang#, Tingjun Hou# (Co-first authors), Wei Wang, Jun S. Liu, A Bayesian method for detecting combinatorial mutation patterns responsible for HIV drug resistance, Proceedings of the National Academy of Sciences, 2010, 107, 1321-1326.
  • Tingjun Hou*, Yon Yu, Molecular dynamics and free energy studies on the wild-type and double mutant HIV-1 protease complexed with amprenavir and two amprenavir-related inhibitors: mechanism for binding and drug resistance, Journal of Medicinal Chemistry, 2007, 50, 1177-1188.

李 丹

职称职务:副教授

电子邮箱:lidancps@zju.edu.cn

办公地址:浙江大学紫金港校区药学院446室

办公电话:0571-88208412

学习工作经历

  • 1996年9月至2000年6月:中国药科大学,药学院,学士
  • 2001年9月至2004年6月:中国药科大学,药学院药物化学系,硕士
  • 2005年2月至2009年4月:德国马堡大学,药学院药物化学系,博士
  • 2009年5月至2010年2月:德国马堡大学,药学院药物化学系,博士后
  • 2010年7月至2013年5月:德国吉森大学,生物化学系,洪堡学者
  • 2013年5月至2013年12月:浙江大学,药学院,教师
  • 2013年12月至今:浙江大学,药学院,副教授

研究方向

  • 创新型(新靶点、新结构、新的筛选思路和策略)小分子药物的设计和发现。针对相应靶点,通过分子对接、分子动力学模拟和自由能计算等计算机辅助药物设计方法发现潜在的候选活性化合物;对候选化合物进行酶、细胞或细菌活性评价,并且通过生化和分子生物学手段进行深入的分子水平的论证和研究。目前研究体系主要包括:(1). 以卡介苗菌株BCG为模式菌,设计和发现抗结核杆菌药物;(2).针对雄激素受体,设计和发现抗前列腺癌药物。

代表性论文

  • Ye Q, Chai X, Jiang DJ, Yang L, Shen C, Zhang XJ, Li D*, Cao DS*, Hou T*. Identification of Active Molecules against Mycobacterium Tuberculosis through Machine Learning, Brief Bioinform, 2021, doi: 10.1093/bib/bbab068.
  • Pang JP, Shen C, Zhou WF, Wang YX, Shan LH, Chai X, Shao Y, Hu XP, Zhu F, Zhu DY, Xiao L, Xu L, Xu XH, Li D*, Hou T*. Discovery of Novel Antagonists Targeting the DNA Binding Domain of Androgen Receptor by Integrated Docking-Based Virtual Screening and Bioassays, Acta Pharmacol Sin, 2021, Mar 25. doi: 10.1038/s41401-021-00632-5.
  • Weng G, Shen C, Cao D, Gao J, Dong X, He Q, Yang B, Li D*, Wu J,* Hou T*. PROTAC-DB: an Online Database of PROTACs, Nucleic Acids Res, 2021, 49 (D1), D1381-D1387.
  • Tang Q, Fu WT, Zhang MK, Wang EC, Shan LH, Chai X, Pang JP, Wang XW, Xu XH, Xu L, Li D*, Sheng R*, Hou TJ*, Novel Androgen Receptor Antagonist Identified by Structure-based Virtual Screening, Structural Optimization, and Biological Evaluation, Eur J Med Chem, 2020, 192: 112156.
  • Hu X, Chai X, Wang X, Duan M, Pang J, Fu W, Li D*, Hou T*. Advances in the Computational Development of Androgen Receptor Antagonists, Drug Discov Today, 2020, 25: 1453-61.
  • Shen C, Liu H, Wang XW, Lei TL, Wang EC, Xu L, Yu HD, Li D*, Yao XJ*, Importance of Incorporating Protein Flexibility in Molecule Modeling: A Theoretical Study on Type I1/2 NIK Inhibitors, Front Pharmacol, 2019, 10: 345.
  • Li D, Zhou WF, Pang JP, Tang Q, Zhong BL, Shen C, Xiao L, Hou TJ*, A Magic Drug Target: Androgen Receptor, Med Res Rev, 2019, 39, 1485-1514.
  • Zhou WF, Duan MJ, Fu WT, Pang JP, Tang Q, Sun HY, Xu L, Chang S, Li D*, Hou, TJ*, Discovery of Novel Androgen Receptor Ligands by Structure-based Virtual Screening and Bioassays, Genomics Proteomics Bioinformatics, 2018, 16, 416-27.
  • Tang XY, Wang Z, Lei TL, Zhou WF, Chang S, Li D*, Importance of Protein Flexibility on Molecular Recognition: Modeling Binding Mechanisms of Aminopyrazine Inhibitors to Nek2, Phys Chem Chem Phys, 2018, 20,5591-5605.
  • Chen F, Sun HY, Liu H, Li D*, Li YY, Hou TJ*, Prediction of Luciferase Inhibitors by the High-performance MIEC-GBDT Approach Based on Interaction Energetic Patterns, Phys Chem Chem Phys, 2017, 19, 10163-76.
  • Zhang Q, Feng T, Xu L, Sun HY, Pan PC, Li YY, Li D*, Hou TJ*, Recent advances on protein-protein docking, Current Drug Targets, 2016, 17, 1586-1594.
  • Liu H, Li D, Li YY, Hou TJ*, Atomistic molecular dynamics simulations of ATP-binding cassette transporters, WIREs Computational Molecular Science, 2016, 6, 255-265.
  • Guan Y, Sun HY, Pan PC, Li YY, Li D*, Hou TJ*, Exploring resistance mechanisms of HCV NS3/4A protease mutations to MK5172: insight from molecular dynamics simulations and free energy calculations, Molecular Biosystems, 2015, 11, 2568-78.
  • Li D, Chen L, Li YY, Tian S, Sun HY, Hou TJ*, ADMET evaluation in drug discovery. 13. development of in silico prediction models for P-Glycoprotein substrates. Molecular Pharmaceutics, 2014, 11, 716-26.
  • Pan PC, Li L, Li YY, Li D*, Hou TJ*, Insights into susceptibility of antiviral drugs against the E119G mutant of 2009 influenza A (H1N1) neuraminidase by molecular dynamics simulations and free energy calculations, Antiviral Research, 2013, 100, 356-64.
  • Preußer C, Rossbach O, Hung LH, Li D, Bindereif A*, Genome-wide RNA-binding analysis of the trypanosome U1 snRNP proteins U1C and U1-70K reveals cis/trans-spliceosomal network, Nucleic Acids Research, 2014, 42, 6603-15.
  • Li D, Gössringer M, Hartmann RK*,Archaeal-bacterial chimeric RNase P RNAs: towards understanding RNA's architecture, function and evolution, Chembiochem, 2011, 12, 1536-43.
  • Li D, Meyer MH, Willkomm DK, Keusgen M, Hartmann RK*, Analysis of bacterial RNase P RNA and protein interaction by a magnetic biosensor technique, Biochimie, 2010, 92, 772-8.
  • Li D, Willkomm DK, Hartmann RK*, Minor changes largely restore catalytic activity of archaeal RNase P RNA from Methanothermobacter thermoautotrophicus, Nucleic Acids Research, 2009, 37, 231-42.
  • Li D, Willkomm DK, Schön A, Hartmann RK*, RNase P of the Cyanophora paradoxa cyanelle: a plastid ribozyme, Biochimie, 2007, 89, 1528-38.

潘培辰

职称职务:特聘研究员、博士生导师

电子邮箱:panpeichen@zju.edu.cn

办公地址:浙江大学紫金港校区药学院446室

办公电话:0571-88208412

学习工作经历

  • 2007年至2011年:苏州大学材料与化学化工学部,学士(导师:侯廷军教授)
  • 2011年至2014年:苏州大学纳米与软物质研究院,硕士(导师:侯廷军教授)
  • 2014年至2019年:浙江大学药学院,博士(导师:侯廷军教授)
  • 2017年至2019年:哈佛医学院/Dana-Farber癌症研究所,国家公派联合培养博士(导师:Jean Zhao教授)
  • 2019年至2021年:哈佛医学院/Dana-Farber癌症研究所,博士后(合作导师:Jean Zhao教授)
  • 2021年9月至今:浙江大学药学院,特聘研究员、博士生导师

研究方向

  • • 长期围绕分子模拟技术在药物设计中的应用,开发并利用基于生物物理学/化学理论的计算机辅助药物设计方法,针对重要的药物靶点进行先导化合物的发现与优化。并与药物化学、药理学以及动物科学等多个学科进行交叉融合,从靶点的验证、到小分子抑制剂的设计与筛选、到先导化合物的体内外活性评价,进行了一系列创新性的研究和探索,发现了多种具有全新结构的抗肿瘤和抗炎症先导化合物。

代表性论文

  • Kong, Xiaotian#, Peichen Pan#(Co-first authors), Huiyong Sun, Hongguang Xia, Xuwen Wang, Youyong Li, and Tingjun Hou*, Drug Discovery Targeting Anaplastic Lymphoma Kinase (ALK). Journal of Medicinal Chemistry, 2019, 62 (24), 10927-10954.
  • Chen, Changwei#, Peichen Pan#(Co-first authors), Ziyang Deng, Dahai Wang, Qifan Wu, Lei Xu, Tingjun Hou*, Sunliang Cui*. Discovery of 3,6-diaryl-1H-pyrazolo[3,4-b]pyridines as potent anaplastic lymphoma kinase (ALK) inhibitors. Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters, 2019, 29 (7), 912-916.
  • Peichen Pan, Jiean Chen, Xijian Li, Miyang Li, Huidong Yu, Jean J Zhao, Jing Ni, Xuwen Wang, Huiyong Sun, Sheng Tian, Feng Zhu, Feng Liu, Yong Huang*, Tingjun Hou*. Structure-based Drug Design and Identification of H2O-soluble and Low Toxic Hexacyclic Camptothecin Derivatives with Improved Efficacy in both Cancer and Lethal Inflammation Models In Vivo. Journal of Medicinal Chemistry, 2018, 61 (19), 8613–8624.
  • Peichen Pan, Huidong Yu, Qinglan Liu, Xiaotian Kong, Hu Chen, Jiean Chen, Qi Liu, Dan Li, Yu Kang, Huiyong Sun, Wenfang Zhou, Sheng Tian, Sunliang Cui, Feng Zhu, Youyong Li, Yong Huang*, Tingjun Hou*, Combating drug-resistant mutants of ALK with potent and selective Type-I1/2 inhibitors by stabilizing unique DFG-shifted loop conformation. ACS Central Science, 2017, 3, 1208-1220.
  • Peichen Pan, Huiyong Sun, Hui Liu, Dan Li, Wenfang Zhou, Xiaotian Kong, Youyong Li, Huidong Yu, Tingjun Hou*. In Silico Exploration for Novel Type-I Inhibitors of Tie-2/TEK: The Performance of Different Selection Strategy in Selecting Virtual Screening Candidates. Scientific Reports, 2016, 6.
  • Peichen Pan, Sheng Tian, Huiyong Sun, Xiaotian Kong, Wenfang Zhou, Dan Li, Youyong Li, Tingjun Hou*. Identification and Preliminary SAR Analysis of Novel Type-I Inhibitors of TIE-2 via Structure-Based Virtual Screening and Biological Evaluation in in vitro Models. Journal of Chemical Information and Modeling, 2015, 55: 2693-2704.
  • Peichen Pan, Youyong Li, Huidong Yu, Tingjun Hou*, Molecular principle of topotecan resistance by topoisomerase I mutations through molecular modeling approaches, Journal of Chemical Information and Modeling, 2013, 53, 997-1006.
  • Peichen Pan, Mingyun Shen, Huidong Yu, Youyong Li, Dan Li, Tingjun Hou*, Advances in the development of Rho-associated protein kinase (ROCK) inhibitors, Drug Discovery Today, 2013, 18, 1323–1333.
  • Peichen Pan, Lin Li, Youyong Li, Dan Li*, Tingjun Hou*, Insights into susceptibility of antiviral drugs against the E119G mutant of 2009 influenza A (H1N1) neuraminidase by molecular dynamics simulations and free energy calculations, Antiviral Research, 2013, 100, 356–364.

博士后

高俊博

博士后/助理研究员

https://www.researchgate.net/profile/Jun_Bo_Gao

邮箱:gaojb_0618459@zju.edu.cn

学习工作经历

  • 2007年9月-2010年6月:湖南中医药大学,药学院,学士
  • 2011年9月-2014年6月:江西中医药大学,现代中药制剂教育部重点实验室,硕士 (导师:刘建群)
  • 2014年8月-2018年7月:中科院昆明植物研究所,植物化学与西部植物资源持续利用国家重点实验室,博士 (导师:肖伟烈)
  • 2018年9月至今:浙江大学,药学院,博士后 (合作导师:侯廷军) (导师:肖伟烈)

研究方向

  • 基于天然产物分子与重要疾病相关靶点相互作用的药物设计和发现。

代表性论文

  • Junbo Gao,Shuangjing Yang, Ziru Yan, et al. Isolation, Characterization, and the Structure-Activity Relationship Analysis of Abietane Diterpenoids from Callicarpa bodinieri as Spleen Tyrosine Kinase Inhibitors. Journal of natural products, 2018, 81, 998-1006.
  • Junbo Gao, Xingjie Zhang, Ruihan Zhang,et al. In Vitro Human Dihydroorotate Dehydrogenase Inhibitory, Anti-inflammatory and Cytotoxic Activities of Alkaloids from the Seeds of Nigella glandulifera. Planta medica, 2018, 84, 1013-1021.

王哲

博士后/助理研究员

邮箱:wangzhehyd@zju.edu.cn

学习工作经历

  • 2008年9月至2012年6月:温州医科大学,药学院,学士(导师:梁广研究员)
  • 2012年9月至2015年6月:温州医科大学,药学院,硕士(导师:梁广研究员)
  • 2015年10月至2016年2月:浙江大学,药学院,科研助理
  • 2016年2月至2019年6月:浙江大学,药学院,博士(导师:侯廷军教授)
  • 2019年7月至今:浙江大学,药学院,博士后(合作导师:侯廷军教授)

研究方向

  • 基于大规模数据库的分子对接方法测评和虚拟筛选整合策略的开发和应用研究;
  • 基于增强采样的自由能计算方法的应用研究。

代表性论文

  • Zhe Wang, Xuwen Wang, Youyong Li, Tailong Lei, Ercheng Wang, Dan Li, Yu Kang, Feng Zhu, Tingjun Hou*, farPPI: a webserver for accurate prediction of protein-ligand binding structures for small-molecule PPI inhibitors by MM/PB(GB)SA methods, Bioinformatics, 2019, 35, 1777–1779.
  • Zhe Wang, Yu Kang, Dan Li, Huiyong Sun, Xiaowu Dong, Xiaojun Yao, Lei Xu, Shan Chang, Youyong Li, Tingjun Hou*, Benchmark Study Based on 2P2IDB to Gain Insights into the Discovery of Small-Molecule PPI Inhibitors. The Journal of Physical Chemistry B, 2018, 122, 2544-2555.
  • Zhe Wang, Huiyong Sun, Xiaojun Yao, Dan Li, Lei Xu, Youyong Li, Sheng Tian and Tingjun Hou*, Comprehensive evaluation of ten docking programs on a diverse set of protein-ligand complexes: the prediction accuracy of sampling power and scoring power. Physical Chemistry Chemical Physics, 2016, 18, 12964-12975.

陈景志

博士后/助理研究员

邮箱:jingzhichen90@outlook.com

学习工作经历

  • 2008年9月至2012年6月:中国矿业大学(徐州),材料科学与工程学院,学士
  • 2012年9月至2015年6月:华南理工大学,材料科学与工程学院,硕士(导师:黄皓浩副教授)
  • 2015年2月至2019年4月:巴黎萨克雷大学,固体物理实验室,博士(导师:Guillaume TRESSET & Yves LANSAC)
  • 2020年7月至今:浙江大学,药学院,博士后(合作导师:侯廷军教授)

研究方向

  • 基于结构的药物设计方法在GPCR体系中的应用及其性能评测;
  • 黑皮质素-4受体(MC4R)的本构活性分析及其相关激动剂的设计。

代表性论文

  • Chen, J., Chevreuil, M., Combet, S., Lansac, Y., & Tresset, G. (2017). Investigating the thermal dissociation of viral capsid by lattice model, Journal of Physics: Condensed Matter, 29(47), 474001.
  • Chen, J., Lansac, Y., & Tresset, G. (2018). Interactions between the Molecular Components of the Cowpea Chlorotic Mottle Virus Investigated by Molecular Dynamics Simulations, The Journal of Physical Chemistry B, 122(41), 9490-9498.

钟海洋

博士后/助理研究员

邮箱:zhonghy16@lzu.edu.cn

学习工作经历

  • 2010年9月至2014年6月:兰州大学,化学化工学院,学士
  • 2014年9月至2020年6月:兰州大学,化学化工学院,博士(导师:姚小军教授)
  • 2015年12月至2020年6月:浙江大学,药学院,交流学习,共同导师:侯廷军教授
  • 2020年7月至今:浙江大学,药学院,博士后(合作导师:侯廷军教授)

研究方向

  • 主要研究于基利用结构的药物设计方法来发现和设计靶向BRD4的小分子抑制剂。

代表性论文

  • Haiyang Zhong, Zhe Wang, Xuwen Wang, Hui Liu, Dan Li, Huanxiang Liu, Xiaojun Yao* and Tingjun Hou*, Importance of crystalline water network in docking-based virtual screening: a case study of BRD4, Physical Chemistry Chemical Physics, 2019,21, 25276-25289.

田帅珍

博士后/助理研究员

邮箱:tianshuaizhen1@163.com

学习工作经历

  • 2010年9月至2014年6月:山东师范大学,物电学院,学士
  • 2014年9月至2020年6月:华东师范大学,精密光谱科学与技术国家重点实验室,硕博(导师:张增辉教授)
  • 2020年9月至今:浙江大学,药学院,博士后(合作导师:侯廷军教授)

研究方向

  • 金属蛋白与配体体系的分子动力学模拟以及极化力场的开发。

代表性论文

  • Shuaizhen Tian, Jinzhe Zeng, XiaoLiu, John Z.H. Zhang and Tong Zhu, Understanding the selectivity of inhibitors toward PI4KIIIα and PI4KIIIβ based molecular modeling, Physical Chemistry Chemical Physics, 2019, 21, 22103-22112.

黄达锭

博士后/助理研究员

邮箱:0621605@zju.edu.cn

学习工作经历

  • 2010年9月至2014年6月:四川大学,化学学院,学士
  • 2014年9月至2019年6月:华东师范大学,精密光谱科学与技术国家重点实验室,硕博(导师:张增辉教授)
  • 2021年8月至今:浙江大学,药学院,博士后(合作导师:侯廷军教授)

研究方向

  • 基于靶标结构的计算机辅助药物设计。

代表性论文

  • Dading Huang, Yifei Qi, Jianing Song, and John Z.H. Zhang, Calculation of hot spots for protein-protein interaction in p53/PMI-MDM2/MDMX complexes, J. Comput. Chem., 2019, 40, 1045-1056.

王栋

博士后/助理研究员

邮箱:duke.wang@zju.edu.cn

学习工作经历

  • 2010年9月-2014年6月:江苏大学,学士
  • 2014年9月-2016年6月:华中农业大学,硕士(导师:孔德信 教授)
  • 2016年7月-2017年7月:中科院昆明植物研究所,研究助理
  • 2017年9月-2021年6月:华中农业大学,博士(导师:孔德信 教授)
  • 2021年8月至今:浙江大学,博士后(合作导师:侯廷军 教授)

研究方向

  • 基于机器学习的药物筛选方法研究。
  • 基于深度学习的GPCR专一性预测研究。

代表性论文

  • Wang, D., Chen, N. H.; Alex G. T.; Jin Y. T.; Wen C. C.; Kong, D. X.*, Accelerating the Identification of Subtype Selective Inhibitors via Three-Dimensional Biologically Relevant Spectrum (BRS-3D): The Monoamine Oxidase Subtypes as a Case Study, Bioorg. Chem., 2020, 106, 104503.

陈海轶

博士后/助理研究员

邮箱:11619007@zju.edu.cn

学习工作经历

  • 2016年9月-2021年9月,浙江大学,博士
  • 2021年9月至今:浙江大学,博士后(合作导师:侯廷军 夏宏光)

研究方向

  • 基于血管紧张素II一型受体的虚拟筛选研究。

代表性论文

  • Haiyi Chen, Weitao Fu, Zhe Wang, Xuwen Wang, Tailong Lei, Feng Zhu, Dan Li, Shan Chang, Lei Xu, Tingjun Hou*, Reliability of docking-based virtual screening for GPCR ligands with homology modeled structures: a case study of angiotensin II type I receptor, ACS Chemical Neuroscience, 2019, 10, 677-698

研究生

王绪文

博士研究生(2016.9-2020.3)

邮箱:wang_xuwen@zju.edu.cn

https://www.researchgate.net/profile/Xuwen_Wang3

研究方向

  • 主要从事基于重要靶点的药物设计研究:结合计算机辅助药物分子设计方法以及生物学实验,开展与癌症等疾病相关的重要靶点的药物设计研究,力争发现具有较好活性的先导化合物。

代表性论文

  • Xuwen Wang, Peichen Pan, Youyong Li, Dan Li, Tingjun Hou*, Exploring the prominent performance of CX-4945 derivatives as protein kinase CK2 inhibitors by a combined computational study, Molecular BioSystems, 2014, 10, 1196-1210.

柴 昕

博士研究生(2016.9-2022.6)

邮箱:chaixin0428@foxmail.com

研究方向

  • 新型雄激素受体拮抗剂的设计、合成与生物活性评价

代表性论文

  • Xin Chai, Huiyong Sun, Wenfang Zhou, Changwei Chen, Luhu Shan, Yuhui Yang, Junzhao He, Jinping Pang, Liu Yang, Xinyue Wang, Sunliang Cui, Yaqin Fu, Xiaohong Xu, Lei Xu, Xiaojun Yao, Dan Li*, Tingjun Hou*. Discovery of N-(4-(Benzyloxy)-phenyl)-sulfonamide Derivatives as Novel Antagonists of the Human Androgen Receptor Targeting the Activation Function 2, Journal of Medicinal Chemistry, 2022,65, 2507-2521

沈 超

博士研究生(2017.9-2022.6)

邮箱:3130101022@zju.edu.cn

研究方向

  • 主要从事靶向ROCK的虚拟筛选方面的研究。

代表性论文

  • Chao Shen, Junjie Ding, Zhe Wang, Dongsheng Cao, Xiaoqin Ding, Tingjun Hou*, From machine learning to deep learning: advances in scoring functions for computational docking, WIRES Computational Molecular Science, 2019, accepted
  • Chao Shen, Zhe Wang, Xiaojun Yao, Youyong Li, Tailong Lei, Ercheng Wang, Lei Xu, Feng Zhu, Dan Li, Tingjun Hou*,Comprehensive assessment of nine docking programs on Type II Kinase Inhibitors: prediction accuracy of sampling power, scoring power and screening power, Briefings in Bioinformatics, 2019, bby103.

庞锦萍

博士研究生(2017.9-2022.6)

邮箱:13255923553@163.com

研究方向

  • 主要从事雄激素受体(AR)小分子抑制剂的虚拟筛选和小分子生物学活性测试研究以发现活性较好的先导化合物。

翁高棋

博士研究生(2018.9-2023.6)

邮箱:wenggaoqi@zju.edu.cn

研究方向

  • 基于柔性靶标的虚拟筛选方法学和应用研究。

代表性论文

  • Gaoqi Weng, Ercheng Wang, Zhe Wang, Hui Liu, Feng Zhu, Dan Li, Tingjun Hou*, HawkDock: a web server to predict and analyze the protein-protein complex based on computational docking and MM/GBSA, Nucleic Acids Research, 2019, 47, W322-W330.
  • Gaoqi Weng, Ercheng Wang, Fu Chen, Huiyong Sun, Zhe Wang, Tingjun Hou*, Assessing the performance of the MM/PBSA and MM/GBSA methods. 9. Prediction reliability of binding affinities and binding poses for protein-peptide complexes, Physical Chemistry Chemical Physics, 2019, 21, 10135-10145.

蒋德军

博士研究生(2017.9-2022.3)

邮箱:1576680727@qq.com

研究方向

  • 主要从事ADME/T和成药性理论预测相关研究;探讨最新人工智能算法(如深度学习)在QSAR建模及成药性理论预测中的应用。

吴振兴

博士研究生(2018.9-2023.3)

邮箱:3140101624@zju.edu.cn

研究方向

  • 基于机器学习和人工智能技术的成药性预测研究。

代表性论文

  • Zhenxing Wu, Tailong Lei, Chao Shen, Zhe Wang, Dongsheng Cao, Tingjun Hou*, ADMET Evaluation in Drug Discovery. 19. Reliable Prediction of Human Cytochrome P450 Inhibition Using Artificial Intelligence Approaches, Journal of Chemical Information and Modeling, 2019, 59, 4587-4601.

王極可

博士研究生(2019.9-2023.2,武汉大学计算机学院)

共同导师:陈曦教授

邮箱:jikewang@whu.edu.cn

研究方向

  • 基于机器学习和人工智能技术的药物设计方法开发和应用。

代表性论文

  • Jike Wang, Chang-Yu Hsieh, Mingyang Wang, Xiaorui Wang, Zhenxing Wu, Dejun Jiang, Benben Liao, Xujun Zhang, Bo Yang, Qiaojun He, Dongsheng Cao*, Xi Chen*, Tingjun Hou*, Multi-constraint molecular generation based on conditional transformer, knowledge distillation and reinforcement learning, Nature Machine Intelligence, 2021, 3, 914-922.

王明阳

博士研究生(2019.9-2023.7)

共同导师:李洪林教授

邮箱:11919015@zju.edu.cn

研究方向

  • 基于人工智能技术的分子生成以及全新药物设计。

张锦途

博士研究生(2020.9-2025.6)

邮箱:12019032@zju.edu.cn

研究方向

  • 主要从事分子动力学模拟与加速采样方法的研究。

王斯羽

博士研究生(2020.9-2025.6)

邮箱:12019076@zju.edu.cn

研究方向

  • 基于人工智能技术的成药性预测研究。

曹政

博士研究生(2019.9-2024.6)

邮箱:z.cao@zju.edu.cn

共同导师:吴健教授

研究方向

  • 计算机辅助有机合成。

朱屹恒

博士研究生(2020.9-2025.7)

邮箱:zhuyiheng2020@zju.edu.cn

共同导师:吴健教授

研究方向

  • 分子生成。

王高昂

硕博连读研究生(2021.9-2026.6)

邮箱:wanggaoang@zju.edu.cn

研究方向

  • 电压门控钠离子通道的药物设计。

杜红岩

博士研究生(2020.9-2025.6)

邮箱:hongyan_du@zju.edu.cn

研究方向

  • 用于共价药物设计、筛选和发现的相关计算方法的开发。

赵奕淏

硕博连读研究生(2021.9-2026.6)

邮箱:22119062@zju.edu.cn

共同导师:康玉副教授

研究方向

  • 广义系综方法增强采样中偏置势函数的构造。

曾韵典

博士研究生(2020.9-2025.6)

邮箱:22060221@zju.edu.cn

共同导师:贺诗波教授

研究方向

  • 基于人工智能方法和多组学数据的药物反应性预测及癌症药物开发研究。

叶青

博士研究生(2019.9-2024.6)

邮箱:qye@zju.edu.cn

  • 共同导师:贺诗波教授

研究方向

  • 基于多组学数据,结合知识图谱和人工智能方法,开发药物靶标发现的计算方法。

代表性论文

  • Qing Ye, Chang-Yu Hsieh, Ziyi Yang, Yu Kang, Jiming Chen, Dongsheng Cao*, Shibo He*, Tingjun Hou*, A unified drug-target interaction prediction framework based on knowledge graph and recommendation system, Nature Communications, 2021, 12, 6775.

张徐俊

博士研究生(2019.9-2024.6)

邮箱:xujunzhang@zju.edu.cn

研究方向

  • 主要从事基于人工智能技术的个性化打分方法的研究。

吴佳璐

硕博连读研究生(2021.9-2024.3)

邮箱:22119027@zju.edu.cn

研究方向

  • 基于机器学习和人工智能技术的成药性预测研究。

吴正健

博士研究生(2021.9-2024.6,武汉大学计算机学院)

共同导师:孙世磊教授

邮箱:zhengjianwu@whu.edu.cn

研究方向

  • 人工智能辅助药物发现,基于人工智能的分子生成技术研究。

杨柳

硕士研究生(2019.9-2022.3)

邮箱:752797518@qq.com

研究方向

  • 靶向DprE1抗菌药物的筛选和生物学测试。

赵红

硕士研究生(2019.9-2022.6)

共同导师:康玉副教授

邮箱:3107432403@qq.com

研究方向

  • 新型DNA甲基转移酶抑制剂的虚拟筛选及生物活性测评。

杨浩

硕士研究生(2019.9-2022.3)

共同导师:张治国教授

邮箱:651786229@qq.com

研究方向

  • 靶向雄激素受体的药物设计与活性评价。

廖佳宁

硕士研究生(2020.9-2023.6)

邮箱:22019004@zju.edu.cn

研究方向

  • 靶向雄激素受体的药物筛选和生物学测试。

李坤

硕士研究生(2020.9-2023.6)

邮箱:1716858818@qq.com

研究方向

  • 基于机器学习的药物ADME预测;
  • 药物重定位。

谷书凯

硕士研究生(2020.9-2023.6)

共同导师:康玉副教授

邮箱:3160101168@zju.edu.cn

研究方向

  • 靶向前列腺素受体的小分子配体的选择性机理研究。

徐若兰

硕士研究生(2020.9-2023.6)

共同导师:康玉副教授

邮箱:2837259554@qq.com

研究方向

  • 基于机器学习的GPCR个性化打分方法的研究。

于佳卉

硕士研究生(2019.9-2022.6)

邮箱:jhyu@zju.edu.cn

研究方向

  • 基于机器学习和人工智能技术的合成可行性预测研究。

鲍灵杰

硕士研究生(2020.9-2023.3)

邮箱:3160103569@zju.edu.cn

研究方向

  • 人工智能助力激酶抑制剂的预测。

刘天涛

硕士研究生(2021.9-2024.3)

共同导师:康玉副教授

邮箱:22160154@zju.edu.cn

研究方向

  • 基于深度学习的逆合成方法预测。

金婕妤

硕士研究生(2021.9-2024.3)

邮箱:22119149@zju.edu.cn

研究方向

  • 基于人工智能技术的成药性预测研究。

王天玥

硕士研究生(2021.9-2024.3)

邮箱:1228484345@qq.com

研究方向

  • 计算机辅助药物设计。

陈世诚

硕士研究生(2021.9-2024.3)

邮箱:22119143@zju.edu.cn

研究方向

  • 共价抑制剂的筛选和发现。

王心玥

硕士研究生(2021.9-2024.3)

邮箱:xinyuebear@163.com

研究方向

  • 雄激素受体拮抗剂的开发。

金若凡

硕士研究生(2021.9-2024.3)

邮箱:Jrf51835@163.com

研究方向

  • 基于人工智能的抗原-抗体相互作用理论预测研究。

本科生

张昊天

博士研究生(2022.9-2027.7)

邮箱:haotianzhang@zju.edu.cn

研究方向

  • 嵌入统计物理的深度网络理论及应用。

胡仁龄

硕士研究生(2022.9-2025.3)

邮箱:15756327058@163.com

研究方向

  • 基计算机辅助MOR-DOR异源二聚体相互作用面可药性研究。

戈婧萱

硕博连读研究生(2022.9-2027.6)

邮箱:rexmo0813@163.com

研究方向

  • 基于机器学习和人工智能技术的peptide-PBD互作预测研究。

前成员

许 磊

职称职务:副教授

办公电话:0519-86953220

电子邮箱:leixu@jsut.edu.cn

办公地址:江苏理工学院/生物信息与医药工程研究所,67号楼310室

研究所网址:http://swyy.jsut.edu.cn

学习工作经历

  • 2002年9月至2006年6月:吉林农业大学,中药材学院中药学系,学士
  • 2007年9月至2010年6月:东北师范大学,化学学院有机化学系,硕士
  • 2010年9月至2013年12月:苏州大学,功能纳米与软物质研究院药物化学系,博士
  • 2014年1月至2015年12月:浙江大学,药学院药物化学系,博士后
  • 2016年1月至今:江苏理工学院,生物信息与医药工程研究所,副研究员

研究方向

  • 计算机辅助药物分子设计方法学和应用研究。针对相应靶点,通过分子对接、分子动力学模拟和自由能计算等计算机辅助药物设计方法发现潜在的候选活性化合物;对候选化合物进行酶、细胞或细菌活性评价。目前研究体系主要包括:(1). 以MIF为靶点,设计和发现抗炎药物;(2). 针对HIV整合酶二聚体,设计和发现抗艾滋病药物。

代表性论文

  • Xu L, Li YY, Sun HY, Zhen XC, Qiao CH, Tian S, Hou TJ*, Current developments of macrophage migration inhibitory factor (MIF) inhibitors, Drug Discovery Today, 2013, 18, 592-600.
  • Xu L, Zhang Y, Zheng LT, Qiao CH, Li YY, Li D, Zhen XC, Hou TJ *, Discovery of novel inhibitors targeting macrophage migration inhibitory factor via structure-based virtual screening and bioassays, Journal of Medicinal Chemistry, 2014, 57, 3737-3745.
  • Xu L, Li YY, Li D, Xu P, Tian S, Sun HY, Liu H, Hou TJ*, Exploring the Binding Mechanisms of MIF to CXCR2 by Theoretical Approaches, Physical Chemistry Chemical Physics, 2015, 15, 3370-3382.
  • Xu L, Sun HY, Li YY, Wang JM, Hou TJ*, Assessing the Performance of MM/PBSA and MM/GBSA Methods. 3. The Impact of Force Fields and Ligand Charge Models, Journal of Physical Chemistry B, 2013, 117, 8408-8421.
  • Xu L, Li YY, Sun HY, Li Dan, Hou TJ*, Structural basis of the interactions between CXCR4 and CXCL12/SDF-1 revealed by theoretical approaches, Molecular Biosystems, 2013, 9, 2107-2117.

冯志炜

职称职务:助理教授

办公电话:

电子邮箱:zhf11@pitt.edu & fengzhiwei128@gmail.com

办公地址:School of Pharmacy, University of Pittsburgh, 222 Salk Pavilion, 335 Sutherland drive, Pittsburgh, PA 15213

研究所网址:http://www.pharmacy.pitt.edu/directory/profile.php?profile=1734

学习工作经历

  • 2003年9月至2007年6月:华南农业大学,信息学院-计算机科学与技术,学士
  • 2007年9月至2010年6月:华南农业大学,信息学院-计算机应用科学,硕士
  • 2010年9月至2013年6月:苏州大学,功能纳米与软物质研究院,博士
  • 2013年7月至2015年6月:匹兹堡大学,药学院,博士后
  • 2015年7月至2017年6月:匹兹堡大学,药学院,研究助理
  • 2017年7月至今:匹兹堡大学,药学院,助理教授

研究方向

  • 系统药理学分析及临床大数据分析:建立智能数据库平台(包括靶点、小分子、药物、信号通路,实验方法,参考文献,可视化、分析工具等),与医院临床结合做相关统计及预测;基于GPCRs、离子通道等重要靶标的分子动态模拟及新型药物分子的设计:新靶点(APE1、p18、p62、KLF4、TRPM8)等先导物筛选,多功能杂合类化合物设计(小分子化合物同时靶向多靶点, 如CB2-TRPV1, CB2-CCR2), 化合物改造(CB2、TNFα、p18、p62);GPU-加速算法的优化设计、AI人工智能药物设计平台和软件/app的开发

代表性论文

  • Hyunjoo Cha-Molstad#, Ji Eun Yu#, Zhiwei Feng#(equal-first author), Su Hyun Lee#, Jung Gi Kim#, Peng Yang#, Young Dong Yoo, Joonsung Hwang, Terry McGuire , Sang Mi Shim, Hyun Dong Song, Srinivasrao Ganipisetti, Nuozhou Wang , Jun Min Jang, Min Jae Lee, Seung Jun Kim, Kyung Ho Lee, Jin Tae Hong, Aaron Ciechanover, Inhee Mook-Jung, Xiang-Qun Xie*, Yong Tae Kwon*, and Bo Yeon Kim*, The N-end rule pathway mediates autophagic proteolysis, Nature Communications, 2017, 8, 102.
  • Ying Xue#, Zhiwei Feng#(equal -first author), Xiaoye Li#, Ziheng Hu, Qing Xu, Zi Wang, Jiahui Cheng, Hongtao Shi, Qibing Wang,Hongyi Wu, Xiangqun Xie*, Qianzhou Lv*, The efficacy and safety of cilostazol as an alternative to aspirin after coronary stent implantation in patients with intolerance to aspirin: A combination of clinical study and computational system pharmacology analysis, Acta Pharmacologica Sinica, 2017, 1-8, doi:10.1038/aps.2017.85.
  • Zhiwei Feng, Larry V. Pearce, Xiaomeng Xu, Xiaole Yang, Peng Yang, Peter M. Blumberg*, and Xiang-Qun Xie*, Structural Insight into Tetrameric hTRPV1 from Homology Modeling, Molecular Docking, Molecular Dynamics Simulation, Virtual Screening and Bioassay Validations, Journal Chemical Information Modeling, 2015, 55, 572–588.
  • Xiaotian Sun#, Zhiwei Feng# (equal-first author), Tingjun Hou, Youyong Li*, Mechanism of Graphene Oxide as an Enzyme Inhibitor from Molecular Dynamics Simulations, ACS Applied Materials & Interfaces, 2014, 6 (10), 7153–7163.
  • Zhiwei Feng, Tingjun Hou, Youyong Li*, The Studies on the Interactions between β2 Adrenergic Receptor and Gs Protein by Molecular Dynamics Simulations, Journal Chemical Information Modeling, 2012, 52, 1005-1014.

田 盛

职称职务:副教授

电子邮箱:shengtian@suda.edu.cn

办公地址:苏州市工业园区仁爱路199号苏州大学独墅湖校区二期云轩楼E02-2307

学习工作经历

  • 2004年9月至2008年6月:合肥学院,化学与材料工程系,学士
  • 2007年9月至2008年6月:中科大,火灾科学国家重点实验室,联合培养
  • 2008年9月至2011年6月:苏州大学,功能纳米与软物质研究院,硕士
  • 2011年9月至2014年6月:苏州大学,功能纳米与软物质研究院,博士
  • 2014年6月至2016年8月:苏州大学,药学院,博士后
  • 2016年9月至今:苏州大学,药学院,副教授

研究方向

  • 计算机辅助药物分子设计的理论和方法的发展及其在药物研发中的应用研究。主要包括:ADME/T和类药性的理论预测研究;新颖高效并行虚拟筛选方法的发展及应用研究;小分子化合物及其相应靶标相互作用模式的研究;针对激酶和GPCR等靶点的药物分子设计和开发。

代表性论文

  • Sheng Tian, Junmei Wang, Youyong Li, Dan Li, Lei Xu, Tingjun Hou*, The application of in silico drug-likeness predictions in pharmaceutical research, Advanced Drug Delivery Reviews, 2015, 23, 2-10.
  • Sheng Tian, Huiyong Sun, Peichen Pan, Dan Li, Xuechu Zhen*, Youyong Li*, Tingjun Hou*, Assessing an Ensemble Docking-Based Virtual Screening Strategy for Kinase Targets by Considering Protein Flexibility, Journal of Chemical Information and Modeling, 2014, 54(10), 2664-2679.
  • Sheng Tian, Huiyong Sun, Youyong Li, Dan Li, Tingjun Hou*, Development and evaluation of an integrated virtual screening strategy by combining molecular docking and pharmacophore searching based on multiple protein structures, Journal of Chemical Information and Modeling, 2013, 53(10), 2743-2756.
  • Sheng Tian, Youyong Li, Dan Li, Xiaojie Xu, Junmei Wang, Qian Zhang, Tingjun Hou*, Modeling compound-target interaction network of Traditional Chinese Medicines for type II diabetes mellitus: insight for polypharmacology and drug design, Journal of Chemical Information and Modeling, 2013, 53(7), 1787–1803.
  • Sheng Tian, Junmei Wang, Youyong Li, Xiaojie Xu, Tingjun Hou*, Drug-likeness Analysis of Traditional Chinese Medicines: Prediction of Drug-likeness Using Machine Learning Approaches, Molecular Pharmaceutics, 2012, 9(10), 2875-2886.

朱景宇

职称职务:副研究员

电子邮箱:zhjy_777@163.com

办公地址:江南大学蠡湖校区生物工程学院C404室

学习工作经历

  • 2005.9-2009.6:制药工程学士,淮阴工学院生命科学与化学工程学院
  • 2009.9-2011.6:计算机辅助药物设计硕士(导师:侯廷军),苏州大学功能纳米与软物质研究院
  • 2011.7-2014.6:肿瘤药理学博士(导师:毛新良), 苏州大学唐仲英血液研究中心
  • 2015.3-2016.9:药物化学博士后(合作导师:侯廷军),浙江大学药学院药物代谢与药物分析研究所
  • 2016.9至今:江南大学,药学院,副研究员

研究方向

  • 计算机辅助药物分子设计研究:定量构效关系模型(QSAR)、同源建模(Homology Modeling)、虚拟筛选(virtual screening)、药效团模型(pharmacophore modeling)、分子对接(molecular docking)、动力学模拟及自由能计算(MD simulations and free energy calculation);丙型肝炎蛋白NS3/NS4A抑制剂的定量构效关系(QSAR)研究;动力学模拟以及自由能计算研究PI3K抑制剂对PI3K亚型蛋白的选择性;使用虚拟筛选以及生物学实验的方法发现新型PI3K抑制剂用于治疗多发性骨髓瘤;使用基于多构象的虚拟筛选方法以及生物学实验方法发现新型组蛋白去乙酰化酶(HDAC)、ROCK抑制剂用于治疗恶性肿瘤;使用虚拟筛选以及动力学模拟的方法发现新型的去泛素化蛋白(USP7)抑制剂。

代表性论文

  • Jingyu Zhu, Tingjun Hou*, Xinliang Mao*. Discovery of selective phosphatidylinositol 3-kinase inhibitors to treat hematological malignancies. Drug Discovery Today. 2015; 20(8): 988-94.
  • Jingyu Zhu, Chunhua Qiao, Tingjun Hou*, Xinliang Mao*. A novel PI3K inhibitor PIK-C98 displays potent preclinical activity against multiple myeloma. Oncotarget. 2015; (1): 185-95.
  • Jingyu Zhu, Peichen Pan, Youyong Li, Biyin Cao, Xinliang Mao, Tingjun Hou*. Theoretical studies on beta and delta isoform-specific binding mechanisms of phosphoinositide 3-kinase inhibitors. Molecular Biosystems, 2014; 10(3): 454-66.
  • Jingyu Zhu, Tingjun Hou*, Xinliang Mao*. Targeting the phosphatidylinositol 3-kinase/AKT pathway for the treatment of multiple myeloma. Current Medicinal Chemistry. 2014; 21(27): 3173-87.
  • Jingyu Zhu, Youyong Li, Huidong Yu, Liling Zhang, Xinliang Mao, Tingjun Hou*. Insight into the structural requirements of narlaprevir-type inhibitors of NS3/NS4A protease based on hqsar and molecular field analyses. Combinatorial Chemistry & High Throughput Screening, 2012; 15(6): 439-50.

沈明云

职称职务:研发主管

电子邮箱:mingyunshen@yahoo.com

办公地址:扬子江药业集团有限公司

学习工作经历

  • 2006年9月至2010年6月:苏州大学,药学院,学士
  • 2010年9月至2015年6月:苏州大学,功能纳米如软物质研究院,博士
  • 2015年7月至今:扬子江药业集团有限公司,新品研发部,研发主管

代表性论文

  • Mingyun Shen, Peichen Pan, Youyong Li, Dan Li, Huidong Yu*, Tingjun Hou*, Farnesyltransferase (FTase) and geranylgeranyltransferase I (GGTase-I): structures, mechanism, inhibitors and molecular modeling, Drug Discovery Today, 2015, 20, 267-76.
  • Mingyun Shen, Sheng Tian, Youyong Li, Qian Li, Xiaojie Xu, Junmei Wang, Tingjun Hou*, Drug-likeness analysis of Traditional Chinese Medicines: 1. Property distributions of Drug-like compounds, Non-drug-like compounds and Natural compounds from Traditional Chinese Medicines, Journal of Cheminformatics, 2012, 4, 31.
  • Mingyun Shen, Huidong Yu, Youyong Li, Pixu Li, Peichen Pan, Shunye Zhou, Liling Zhang, Shang Li, Simon Ming-Yuen Lee*, Tingjun Hou*, Discovery of Rho-kinase inhibitors by docking-based virtual screening, Molecular Biosystems, 2013, 9, 1511-1521.
  • Mingyun Shen, Shunye Zhou, Youyong Li, Peichen Pan, Liling Zhang, Tingjun Hou*, Discovery and optimization of triazine derivatives as ROCK1 inhibitors: molecular docking, molecular dynamics simulations and free energy calculations, Molecular Biosystems, 2013, 9, 361-374.
  • Mingyun Shen , Sheng Tian, Peichen Pan, Huiyong Suna , Dan Li, Youyong Li, Hefeng Zhou, Chuwen Li, Simon Ming-Yuen Lee*, Tingjun Hou*, Discovery of Novel ROCK1 Inhibitors via Integrated Virtual Screening Strategy and Bioassays. Scientific Reports, 2015, 5, 602.

陈 浮

职称职务:副教授

电子邮箱:chenfu_jeff@yeah.net

办公地址:上海师范大学生命与环境科学学院

学院网址:http://shenghuan.shnu.edu.cn

学习工作经历

  • 2004年9月至2008年7月:昆明理工大学,环境科学系,学士
  • 2008年9月至2014年12月:同济大学,环境科学系,博士
  • 2015年6月至2017年8月:浙江大学,药学院药物化学系,博士后
  • 2017年9月至今:上海师范大学,生命与环境科学学院,副教授

代表性论文

  • Fu Chen, Huiyong Sun, Hui Liu, Dan Li, Youyong Li, Tingjun Hou*. Prediction of luciferase inhibitors by the high-performance MIEC-GBDT approach based on interaction energetic patterns. 2017, Physical Chemistry Chemical Physics, 19(15), 10163-10176.
  • Fu Chen, Hui Liu, Huiyong Sun, Peichen Pan, Youyong Li, Dan Li, Tingjun Hou*. Assessing the performance of the MM/PBSA and MM/GBSA methods. 6. Capability to predict protein–protein binding free energies and re-rank binding poses generated by protein–protein docking. 2016, Physical Chemistry Chemical Physics, 18(32), 22129-22139.
  • Fu Chen, Shu-Shen Liu, Mo Yu, Rui Qu, Meng-Chao Wang. Blocking the entrance of AMP pocket results in hormetic stimulation of imidazolium-based ionic liquids to firefly luciferase. 2015, Chemosphere, 132, 108-113.

刘 晖

职称职务:副研究员

电子邮箱:hl@zju.edu.cn

办公地址:华中农业大学信息学院

学院网址:http://coi.hzau.edu.cn

学习工作经历

  • 2001年9月至2005年7月:武汉大学,药学院,学士
  • 2005年9月至2010年12月:武汉大学,生命科学学院,博士
  • 2014年5月至2017年12月:浙江大学,药学院,博士后
  • 2018年1月至今:华中农业大学,信息学院,副研究员

代表性论文

  • Hui Liu, Fu Chen, Huiyong Sun, Dan Li, Tingjun Hou*, Improving the efficiency of non-equilibrium sampling in the aqueous environment via implicit-solvent simulations, Journal of Chemical Theory and Computation, 2017, 13, 1827-1836.
  • Hui Liu, Tingjun Hou*, CaFE: a tool for binding affinity prediction using end-point free energy methods, Bioinformatics, 2016, 32, 2216-2218.
  • Hui Liu, Dan Li, Youyong Li, Tingjun Hou*, Atomistic molecular dynamics simulations of ATP-binding cassette transporters, WIREs Computational Molecular Science, 2016, 6, 255-265.

孙慧涌

职称职务:特聘副研究员

电子邮箱:huiyongsun@zju.edu.cn

办公地址:中国药科大学药学院

学院网址:http://www.cpu.edu.cn

学习工作经历

  • 2005年9月至2009年6月:鲁东大学,生命科学学院,学士
  • 2009年9月至2012年6月:山东理工大学,生命科学学院,硕士
  • 2012年9月至2015年6月:苏州大学,功能纳米与软物质研究院,博士
  • 2015年7月至2018年5月:浙江大学,药学院,博士后
  • 2018年6月至今:中国药科大学,药学院,副研究员

代表性论文

  • Huiyong Sun, Tingjun Hou*, Hongyu Zhang*, Finding chemical drugs for genetic diseases, Drug Discovery Today, 2014, 19, 1836-1840. (Feature article)
  • Huiyong Sun, Pengcheng Chen, Dan Li, Youyong Li, Tingjun Hou*, Directly Binding Rather than Induced-Fit Dominated Binding Affinity Difference in (S)- and (R)-Crizotinib Bound MTH1, Journal of Chemical Theory and Computation, 2016, 12, 851-860.
  • Huiyong Sun, Youyong Li, Sheng Tian, Junmei Wang, Tingjun Hou*, P-loop Conformation Governed Crizotinib Resistance in G2032R-Mutated ROS1 Tyrosine Kinase: Clues from Free Energy Landscape, PLoS Computational Biology, 2014, 10, e1003729.
  • Huiyong Sun, Youyong Li*, Dan Li, Tingjun Hou*, Insight into Crizotinib Resistance Mechanisms Caused by Three Mutations in ALK Tyrosine Kinase using Free Energy Calculation Approaches, Journal of Chemical Information and Modeling, 2013, 53, 2376-2389.
  • Huiyong Sun, Youyong Li, Mingyun Shen, Dan Li, Yu Kang, Tingjun Hou*, Characterizing Drug-Target Residence Time with Metadynamics: How to Achieve Dissociation Rate Efficiently without Losing Accuracy against Time-Consuming Approaches, Journal of Chemical Information and Modeling, 2017, 57, 1895-1906.

孔晓天

博士研究生(2015.9-2018.6,苏州大学;2018-2020,俄亥俄州立大学,博士后)

共同导师:李有勇教授

邮箱:kongxt123@126.com

研究方向

  • 主要从事基于靶点结构的大规模小分子数据库的虚拟筛选。此外,另外一个主要研究方向是采用模拟计算的手段(如分子对接、分子动力学、加强采样和自由能计算等方法)探索小分子结合机理。

代表性论文

  • Xiaotian Kong, Huiyong Sun, Peichen Pan, Sheng Tian, Dan Li, Youyong Li*, Tingjun Hou*, Molecular Principle of Cyclin-dependent Kinases Selectivity of 4-(Thiazol-5-yl)-2-(phenylamino) pyrimidine-5-carbonitrile Derivatives Revealed by Molecular Modeling Studies, Physical Chemistry Chemical Physics, 2016, 18, 2034-2046.
  • Xiaotian Kong, Peichen Pan, Dan Li, Sheng Tian, Youyong Li*, Tingjun Hou*, Importance of Protein Flexibility in Ranking Inhibitor Affinities: Modeling the Binding Mechanisms of Piperidine Carboxamides as Type I1/2 ALK Inhibitors, Physical Chemistry Chemical Physics, 2015, 17, 6098-6113.
  • Huiyong Sun, Peichen Pan, Sheng Tian, Lei Xu, Xiaotian Kong, Youyong Li, Dan Li, Tingjun Hou*, Constructing and Validating High-Performance MIEC-SVM Models in Virtual Screening for Kinases: A Better Way for Actives Discovery, Scientific Reports, 2016, 6, 24817.

雷太龙

职称职务:助理研究员

办公电话:0571-86006142

邮箱:leitailong@zju.edu.cn or ltl_1988@126.com

办公地址:浙江大学医学院附属邵逸夫医院科教楼714室

学习工作经历

  • 2006年9月至2010年6月:中国海洋大学, 海洋生命学院, 理学学士(导师:韩宝芹)
  • 2010年9月至2013年6月:电子科技大学, 生命科学与技术学院, 理学硕士(导师: 李朝义)
  • 2013年9月至2017年12月:浙江大学, 药学院, 医学博士(导师: 侯廷军)
  • 2018年3月至2021年3月:浙江大学,药学院, 博士后/助理研究员(合作导师: 侯廷军)
  • 2021年4月至今:浙江大学医学院附属邵逸夫医院,生物医学研究中心/浙江省微生物技术与生物信息研究重点实验室,助理研究员

研究方向

  • 计算机辅助药物分子设计方法学和应用研究。针对相应靶点,通过分子对接、分子动力学模拟和自由能计算等计算机辅助药物设计方法发现潜在的候选活性化合物;对候选化合物进行酶、细胞或细菌活性评价。目前研究体系主要包括:(1). 以双组分信号转导系统、β-内酰胺酶和核糖体为靶点,设计和发现抗耐药菌感染药物和感染性疾病诊断试剂;(2). 以AR为靶点,设计和发现抗前列腺癌药物。
  • 计算毒理学研究和ADME预测模型的开发。采用各种化学信息学和生物信息学的方法来提出和改进新的模型以预测药物的毒性和代谢。

代表性论文

  • Tailong Lei, Huiyong Sun, Yu Kang, Feng Zhu. Hui Liu, Wenfang Zhou, Zhe Wang, Dan Li, Youyong Li, Tingjun Hou*, ADMET evaluation in drug discovery. 18. Reliable prediction of chemical-induced urinary tract toxicity by boosting machine learning approaches. Molecular Pharmaceutics, 2017, 14, 3935-3953.
  • Tailong Lei, Fu Chen, Hui Liu, Huiyong Sun, Yu Kang, Dan Li, Youyong Li, Tingjun Hou*, ADMET evaluation in drug discovery. 17. Development of quantitative and qualitative prediction models for chemical-induced respiratory toxicity. Accurate prediction of rat oral acute toxicity using relevance vector machine and consensus modeling. Molecular Pharmaceutics, 2017, 14, 2407-2421.
  • Tailong Lei, Youyong Li, Yunlong Song; Dan Li, Huiyong Sun, Tingjun Hou. ADMET evaluation in drug discovery: 15. Accurate prediction of rat oral acute toxicity using relevance vector machine and consensus modeling. J. Cheminformatics, 2016, 8, 1-6.

胡雪萍

职称职务:副研究员

电子邮箱:huxueping@sdu.edu.cn

办公地址:山东大学前沿交叉科学青岛研究院

学院网址:http://www.frontier.qd.sdu.edu.cn/

学习工作经历

  • 2009年9月至2013年6月: 山东农业大学,植物保护学院,学士
  • 2013年9月至2018年6月: 中国农业大学,理学院,博士
  • 2018年7月至2021年12月: 浙江大学,药学院,博士后
  • 2022年1月至今:山东大学,前沿交叉科学青岛研究院,副研究员

代表性论文

  • Xueping Hu, Jinping Pang, Jintu Zhang, Chao Shen, Xin Chai, Ercheng Wang, Haiyi Chen, Xuwen Wang, Mojie Duan, Weitao Fu, Lei Xu, Yu Kang, Dan Li*, Hongguang Xia*, Tingjun Hou*, Discovery of novel GR ligands towards druggable GR antagonist conformations identified by MD Simulations and Markov state model analysis, Advanced Science, 2022, 9, e2102435.
  • Xueping Hu, Jinping Pang, Changwei Chen, Dejun Jiang, Chao Shen, Xin Chai, Liu Yang, Xujun Zhang, Lei Xu, Sunliang Cui, Tingjun Hou, Dan Li*, Discovery of novel non-steroidal selective glucocorticoid receptor modulators by structure- and IGN-based virtual screening, structural optimization, and biological evaluation, European Journal of Medicinal Chemistry, 2022, 237, 114382.
  • Xueping Hu, Liu Yang, Xin Chai, Yixuan Lei, Md Shah Alam, Lu Liu, Chao Shen, Dejun Jiang, Zhe Wang, Zhiyong Liu, Lei Xu, Kanglin Wan, Tianyu Zhang, Yuelan Yin, Dongsheng Cao*, Dan Li*, Tingjun Hou*, Discovery of novel DprE1 inhibitors via computational bioactivity fingerprints and structure-based virtual screening, Acta Pharmacologica Sinica, 2021, in press.
  • Xueping Hu, Xin Chai, Xuwen Wang, Mojie Duan, Jinping Pang, Weitao Fu, Dan Li*, Tingjun Hou*, Advances in the computational development of androgen receptor antagonists, Drug Discovery Today, 2020, 25, 1453-1461.
  • Xueping Hu, Xiaojuan Ma, Jialin Cui, Haishan Liu, Bin Zhu, Jin Xie, Pei Liang, Li Zhang*, Identification of 1-phenyl-4-cyano-5-aminopyrazoles as novel ecdysone receptor ligands by virtual screening, structural optimization, and biological evaluations, Chemical Biology & Drug Design, 2021, 97, 184-195.

王二成

博士后/助理研究员

https://www.researchgate.net/profile/Wang_Ercheng

邮箱:wangec_hust@hust.edu.cn

研究方向

  • 目前研究方向包括(1)增强采样方法学及其应用研究,如将增强采样方法和分子对接结合用于重要靶标的药物筛选;(2)利用基于全原子的分子动力学模拟方法研究蛋白质的共翻译折叠。

代表性论文

  • Ercheng Wang, Huiyong Sun, Junmei Wang, Zhe Wang, Hui Liu, John Z.H. Zhang*, Tingjun Hou*, End-Point binding free energy calculation with MM/PBSA and MM/GBSA: strategies and applications in drug design, Chemical Reviews, 2019, accepted.
  • Wang, E., Wang, J., Chen, C., et al. Computational evidence that fast translation speed can increase the probability of cotranslational protein folding. Scientific Reports, 2015, 5, 15316.
  • Wang, E., Chen, C.,Wang, E., et al. Simulation study of the role of the ribosomal exit tunnel on protein folding. Physical Review E, 2013, 87, 022701.

张骞

博士研究生(2016.1-至今,昆士兰大学)

邮箱:q.zhang@uq.edu.au

网址:http://cnsgenomics.com/

学习经历

  • 2008年9月至2012年6月:苏州大学,生命科学学院,学士
  • 2012年9月至2015年6月:苏州大学,功能纳米与软物质研究院,硕士
  • 2016年1月至2020年12月:昆士兰大学,分子生物科学研究所,博士
  • 2021年1月至今:英国剑桥大学,桑格研究所,博士后

代表性论文

  • Qian Zhang*, Riccardo E Marioni, Matthew R Robinson, Jon Higham, Duncan Sproul, Naomi R Wray, Ian J Deary, Allan F McRae, Peter M Visscher, Genotype effects contribute to variation in longitudinal methylome patterns in older people, Genome Medicine, 2018, 10, 75.
  • Peter M Visscher*, Naomi R Wray, Qian Zhang, Pamela Sklar, Mark I. McCarthy, Matthew A. Brown, JianYang, 10 Years of GWAS Discovery: Biology, Function, and Translation, American Journal of Human Genetics, 2017, 6, 5-22.
  • Qian Zhang, Wei Zhang, Youyong Li, Junmei Wang, Liling Zhang, Tingjun Hou*, A rule-based algorithm for automatic bond type perception, Journal of Cheminformatics, 2012, 4, 26.
  • Qian Zhang, Junmei Wang, Ginés D Guerrero, José M Cecilia, José M García, Youyong Li, Horacio Pérez-Sánchez, Tingjun Hou*, Accelerated Conformational Entropy Calculations Using Graphic Processing Units, Journal of Chemical Information and Modeling, 2013, 53, 2057–2064.

周文方

博士研究生(2013.9-2018.6)

邮箱:zhouwfzju@zju.edu.cn

研究方向

  • 主要从事雄激素受体(AR)拮抗剂的虚拟筛选及小分子拮抗能力的临床前药效学实验工作,以发现结构新颖、活性高、成药性好的先导化合物;此外,还从事AR拮抗剂耐药性机制的理论研究。

代表性论文

  • Wenfang Zhou, Mojie Duan, Weitao Fu, Jinping Pang, Qin Tang, Huiyong Sun, Lei Xu, Shan Chang, Dan Li*, Tingjun Hou*, Discovery of Novel Androgen Receptor Ligands by Structure-based Virtual Screening and Bioassays, Genomics, Proteomics & Bioinformatics, 2019, 16, 416-427.
  • Mojie Duan, Na Liu, Wenfang Zhou, Dan Li, Minghui Yang*, Tingjun Hou*, Structural diversity of ligand-binding androgen receptors revealed by microsecond long molecular dynamics simulations and enhanced sampling, Journal of Chemical Theory and Computation, 2016, 12, 4611-4619.

富炜涛

博士研究生(2018.2-2021.6)

邮箱:810442009@qq.com

研究方向

  • 主要从事基于雄激素受体结构氨基酸突变的耐药机制研究和基于结构的药物设计技术发现新型靶向雄激素受体的新型小分子抑制剂用于治疗前列腺癌。此外,另一个研究方向是采用常规分子动力学模拟和增强采样研究变构抑制剂对HIF-2α/ARNT复合物结构的影响。

尚 俊

硕士研究生(2015.10-2017.6,华中农业大学;2018-2023,马里兰大学,攻读博士学位)

共同导师:孔德信教授

邮箱:johnnyflytothesky@foxmail.com

研究方向

  • 主要研究方向是使用个性化和整合虚拟筛选策略进行靶向激酶的药物设计。目前的工作是分析小分子的结构和物理化学性质特征,以及小分子类药性预测。

代表性论文

  • Jun Shang, Ben Hu, Junmei Wang, Feng Zhu, Yu Kang, Dan Li, Huiyong Sun, De-Xin Kong, Tingjun Hou*, Cheminformatic Insight into the Differences between Terrestrial and Marine Originated Natural Products, Journal of Chemical Information and Modeling,  2018, online.
  • Jun Shang, Huiyong Sun, Hui Liu, Fu Chen, Sheng Tian, Peichen Pan, Dan Li, Dexin Kong*, Tingjun Hou*, Comparative analyses of structural features and scaffold diversity for purchasable compound libraries, Journal of Cheminformatics,  2017, 9, 25.

余 洁

硕士研究生(2017.9-2020.6,浙江大学;2020-2024,北京大学,攻读博士学位,导师:张亮仁教授)

共同导师:康玉副教授

邮箱:yujie0317@zju.edu.cn

研究方向

  • 主要从事计算机辅助药物设计。

代表性论文

  • Tianli Xie, Jie Yu, Weitao Fu, Zhe Wang, Lei Xu, Shan Chang, Ercheng Wang, Feng Zhu, Su Zeng, Yu Kang*, Tingjun Hou*, Insight into the selective binding mechanism of DNMT1 and DNMT3A inhibitors: a molecular simulation study, Physical Chemistry Chemical Physics, 2019, accepted.
  • Jie Yu, Tianli Xie, Zhe Wang, Xuwen Wang, Su Zeng, Yu Kang*, Tingjun Hou*, DNA Methyltransferases: Emerging Targets for the Discovery of Inhibitors as Potent Anticancer Drugs, Drug Discovery Today, 2019, accept.

  • 雷艺璇(硕士研究生,2018.9-2021.3)
  • 郭雪莹(硕士研究生,2017.9-2021.3)
  • 谢天立 (硕士研究生,2017-2020)
  • 汤 钦 (硕士研究生,2017-2020)
  • 汤心怡 (硕士研究生,2016-2019)
  • 金  晔 (硕士研究生,2016-2019)
  • 封  婷 (硕士研究生,2015-2018)
  • 王双全 (硕士研究生,2014-2017)
  • 石华丽 (硕士研究生,2012-2015)
  • 关  妍 (硕士研究生,2012-2015)
  • 周顺晔 (硕士研究生,2011-2014)
  • 陈  磊 (硕士研究生,2010-2013)
  • 李  琳 (硕士研究生,2010-2013)
  • 王偲超 (硕士研究生,2010-2013)
  • 曹东跃 (硕士研究生,2009-2012)